Mikroskopické organizmy obývajú pokožku či sliznicu úst, horných dýchacích ciest a tráviaceho traktu. Vedci vypočítali, že človek je nosičom 1 až 1,5 kg mikroorganizmov, väčšinou baktérií! Odhaduje sa, že ľudské telo pozostáva z 1014 buniek, z toho je až 90 percent mikroorganizmov. 1 mililiter slín obsahuje až 1 miliardu baktérií.
V tráviacom trakte je väčšina mikroorganizmov v hrubom čreve. Zo stolice zdravého človeka sa dá izolovať až 400 druhov mikroorganizmov, najmä baktérií, čo zodpovedá aj pomerom v hrubom čreve. Počet najhojnejšie zastúpených druhov, ktorých je asi 30-40, môže dosiahnuť až hodnotu 1010 na gram obsahu hrubého čreva. Až 55 percent suchej hmotnosti stolice pripadá na mikroorganizmy.
