BRATISLAVA, ILLINOIS. Grafické čipy našli svoje využitie v medicíne. Vedci na univerzite v americkom štáte Illinois s ich pomocou dokázali rozkľúčovať presnú chemickú štruktúru proteínového obalu, ktorý chráni genetický materiál vírusu HIV.
Ten je kľúčom k jeho silnej nákazlivosti a pochopenie jeho štruktúry môže byť kľúčové pre vývoj nových a efektívnejších liekov.
64 miliónov
Na zistenie podrobností o štruktúre proteínového obalu sa vedci rozhodli využiť superpočítač Blue Waters, ktorý je vybavený troma tisíckami GPU akcelerátorov NVIDIA Tesla K20X.
Simulácia správania sa HIV vírusu pozostávala zo 64 miliónov atómov. Pre tak veľký počet simulovaných objektov je namiesto klasických procesorov efektívnejšie využiť grafické čipy, ktoré dokážu súčasne spracovať až niekoľko stoviek výpočtov.
"Bolo by veľmi zložité rozbehnúť simuláciu takýchto rozmerov bez superpočítača s modernými grafickými čipmi," hovorí Klaus Schulten, profesor fyziky na University of Illinois.
V simuláciách budú pokračovať
Na univerzite začali využívať výpočtovú silu moderných grafických čipov už pred piatimi rokmi, pričom podľa slov profesora Schultena im výrazne urýchlili výskum.
V simuláciách pomocou superpočítačov s grafickými jednotkami budú aj naďalej pokračovať, no už teraz plánujú rozšírenie jeho výkonu.
To im prinesie viac času pre náročné simulácie, ktoré sú potrebné pre získanie ďalších informácií o proteínovom obale HIV vírusu.
NVIDIA Tesla vyzerá ako klasická grafická karta, no je určená pre náročné matematické výpočty.
Nie su to klasické grafiky
NVIDIA Tesla nie je klasická grafická karta, ale výpočtová jednotka, ktorá má s ňou len podobný hlavný čip.
Použitý superpočítač Blue Waters ich obsahuje až 3-tisíc, čo je ale stále len zlomok z najvýkonnejšieho superpočítača Titan. Ten má vyše 18-tisíc Tesla jednotiek a skoro 300-tisíc procesorových jadier.
Spotreba tejto zostavy presahuje osem megawattov, pričom za jednu sekundu zvládne spracovať 20-tisíc miliárd operácií.
