Systémové nastavenia vyžadujú „rootovské: práva („root“ je používateľ s najvyššími právami). Na ich zmenu existujú aj grafické rozhrania, väčšina pokročilých používateľov však preferuje klasickú metódu – editovanie konfiguračných súborov. Väčšinu systémových nastavení však vôbec netreba meniť a v Linuxe na domácom počítači budete potrebovať „rootovské“ heslo iba pri inštalácii nových programov.
Používateľské nastavenia sa väčšinou týkajú používaného grafického rozhrania. Väčšinu z nich možno nastaviť do úplných detailov, najznámejšie KDE i Gnome navyše ponúkajú prehľadné konfiguračné programy. Množstvo nastavení výrazne prekonáva Windows, či už ide o výzor, alebo správanie sa programov. Pre väčšinu používateľov je to príjemné, pre niekoho to však môže byť i nevýhodou. Pre tých KDE ponúka „Desktop Wizard“, ktorý vyberie jednu z prednastavených konfigurácií po zodpovedaní niekoľkých otázok (nechýba ani možnosť nastaviť výzor i správanie na štýl Windows). (pv)
