Doteraz bol rozšírený názor, že Európania ta zavliekli kiahne a osýpky, ktoré postihli neimúnne obyvateľstvo. Americkí a mexickí vedci však v časopise Emerging Infectious Disease tvrdia, že epidémie s príchodom Európanov vôbec nesúvisia.
V rokoch 1519-20 zomrelo pri hromadnej epidémii päť až osem miliónov Mexičanov. Ďalšie dve epidémie sa prehnali krajnou v rokoch 1545-76. Podľa názoru Rodolfa Acuna-Sota z Universidad Nacional Autonoma mohlo ísť o vlny hemoragickej (krvácavej) horúčky, ktorá sa v Južnej Amerike pravidelne objavuje aj v súčasnosti.
Nepriamym dôkazom tejto domnienky majú byť letokruhy, ktoré odrážajú vývoj podnebia v Mexiku: v spomínaných obdobiach 16. storočia boli pred vypuknutím epidémie dlhšie obdobia sucha, počas ktorých museli ľudia piť z núdze nakazenú vodu z močiarov. Pri tom sa mohli dostať do kontaktu s myšami a potkanmi, ktoré sú prenášateľmi hantavírusu, spôsobujúceho horúčku. Porovnateľná vírusová epidémia sa vyskytla aj v roku 1993.
Hemoragickú horúčku nazýval mexický národ Nahuatlov "Cocolitzi". Španielsky dvorný lekár Francisco Hernández v roku 1576 v liste do Európy napísal, že choroba sa začína silnou horúčkou, miernymi bolesťami hlavy a závratmi. Pacient potom začne krvácať z očí, úst a nosa, za ušami sa mu vytvoria uzliny a do troch až štyroch dní zomrie. Táto v Európe vtedy neznáma choroba však podľa Rodolfa Acuna-Sota nemôže súvisieť s kiahňami alebo osýpkami.
