
tov zistil, že klient získava výpis z BIOSu počítača, aby vedel jednoznačne identifikovať počítač, na ktorom beží.
Distribuovaná sieť uzlov, ktorú dynamicky tvoria klienti inštalovaní po celom svete, zabezpečuje konektivitu podobne, ako je tomu pri P2P sieťach. Ak chce používateľ telefonovať alebo komunikovať cez Skype, časť jeho konektivity môže byť využitá na to, aby sa sieťou v šifrovanej podobe preniesli údaje dôležité pre jej chod, alebo komunikáciu klientov, ktorí nie sú dostupní priamo. Nikto však netuší, akým pravidlom sa tok dát rozdeľuje a aké údaje sieťou putujú.
Kurt Sauer, ktorý má v Skype na starosti bezpečnosť tvrdí, že softvér je so svojou architektúrou už od začiatku navrhnutý tak, aby bola pravdepodobnosť bezpečnostnej chyby čo najmenšia. Jadro prenášajúce dáta je v softvéri oddelené od používateľského rozhrania a ostatných doplnkov – pracuje nezávisle.
Niklas Zennström, šéf a spolumajiteľ spoločnosti v Talline na konferencii povedal – „Som presvedčený o tom, že Skype je bezpečný, jeho kód však rozhodne otvárať nebudeme. Hackeri by mohli s kompletným know-how nájsť cestičku, ako softvér kompromitovať“. Faktom zostáva, že i napriek boomu telefónov s integrovanou podporou Skype je všetko stále v rukách jedinej firmy. Na telefónoch beží platforma Windows CE s klientom Skype, existuje klient pre Symbian, novinkou je riešenie postavené na Linuxe, ktoré uvádza na trh Nokia. Mnohým chýba kompatibilita s ostatnými VoIP riešeniami na trhu.
O tom, že bezpečnosť je pre Skype dôležitejšia ako nikdy predtým, Sauer nepochybuje. Na konferencii odhalil niekoľko prvkov, ktoré v systéme figurujú. Všetky dáta, ktoré putujú sieťou, sú digitálne podpísané rovnako ako používateľské profily. Pri prebiehajúcej komunikácii sa kontroluje, či údaje pochádzajú skutočne od konkrétneho účastníka siete, k čomu pomáha i jednoznačná identifikácia klientov. Prenos súborov vyžaduje potvrdenie používateľom, do procesu kontroly dát môže štandardnou cestou vstúpiť i softvér tvorcov antivírusov. Administrátori môžu vo verzii Skype for Business nastaviť klientov tak, aby bol prenos súborov zakázaný. Vymedziť môžu i porty, cez ktoré bude softvér komunikovať. Integrovaná je ochrana pred opakovaným pokusom pre prelomenie používateľského hesla, existuje dokonca i antispamový filter. Ak sa používatelia obávajú toho, že rozšírenia od tretích strán by mohli mieru bezpečnosti znížiť, deaktivovať je možné i správcu rozšírení.
Firmy majú pre vývoj svojich doplnkov pre Skype zelenú. K dispozícii majú rozhranie, cez ktoré môžu sieťou prenášať ľubovoľné dáta – či už ide o interaktívne hry alebo iné aplikácie. V súčasnosti je v partnerskom programe registrovaných viac ako 5000 vývojárov, k dispozícii však zatiaľ nie je viac ako 50 doplnkov. Niektoré sú dostupné zadarmo, za iné je potrebné zaplatiť.