Ako už vieme, hlavnou postavou je Altair, nájomný vrah, ktorý má dostať zo sveta hlavného bossa templárov, ale táto akcia sa nepodarí a vedenie Assassinov ho tak degraduje na najnižšiu možnú úroveň, čo je pre skúseného Altaira trpké vysvedčenie. Lenže hlavný šéf Assassinov Saladen vie o kvalitách svojej ovečky a poverí ho novou úlohou, ktorá by ho znovu dostala na výslnie. Tajomná akcia má obrovský charakter, Altair totiž musí zneškodniť dvanásť zákerných vodcov križiackej výpravy. Títo bossovia páchajú škodu medzi obyčajnými ľuďmi a kruté zaobchádzanie treba zastaviť. Ak sa to podarí, v oblasti by mohol znovu zavládnuť pokoj. Lenže 12 správcov regiónov je tvrdým orieškom, pretože vodca križiackych výprav, Richard Levie Srdce, sa snaží neustále vyvolávať nepokoje. Úbohé obohacovanie sa dosadených panáčikov však nie je konečnou zastávkou drancovania nevinných. Za všetkým stojí totiž tajomný spolok, ktorý Altair odhalí až v priebehu hry, nájdeme tu správnu dávku konšpirácie, dokonca sa sekta objavuje v náznakoch i v dnešných časoch. No uvidíme, vyzerá to na správne ladenú zápletku, ktorá vytvára dojem všeobecného chaosu, z ktorého môže náš tichý zabijak len profitovať.
Zdroj: PR