álnu DNA (mtDNA) kostí nájdených v údolí Neandertal v roku 1856. Mitochondrie sú špecifické, pretože ich je síce veľa aj v jednej bunke (až tisíc) a povedia nám všeličo o možnej príbuznosti po matkinej línii (mtDNA sa dedí iba po matke), o jej nositeľovi však už nič viac neprezradia.
Člen Pääbovho tímu, postgraduálny študent Matthias Krings, ako súčasť svojej doktorskej práce zanalyzoval neandertálsku DNA. Niekoľkonásobným opakovaním prácneho postupu získal 379 báz. Túto časť potom vedci porovnali so zodpovedajúcim úsekom DNA takmer tisícky súčasných ľudí, a našli podstatnú odlišnosť. Skutočnosť, že neandertálci v ľudskej línii predstavujú samostatný druh, potvrdili ďalšie nezávislé štúdie.
Tak genetici prakticky vyvrátili možnosť, že by neandertálci boli našimi predchodcami alebo sa s nami aspoň krížili. Dnes predpokladáme, že posledný spoločný predok neandertálcov a moderných ľudí žil asi pred pol miliónom rokov.