V oblasti serverov je už všeobecne rozšírený názor, že ak nepotrebujete nejaké špecifické služby dostupné iba pre Windows, je lepšie používať Linux.
Hoci ako hlavné argumenty sa uvádzajú vyššia spoľahlivosť, bezpečnosť a rýchlosť, veľký význam hrá aj otvorený kód. Na serveri má totiž samotný systém relatívne malý význam, viac záleží na administrátoroch, ktorí ho spravujú a zlému administrátorovi nepomôže ani dobrý systém. Výhodou Windows je, že sa dajú administrovať aj bez väčších skúseností, v tom prípade však môžete o bezpečnosti a stabilite servera len snívať.
Skúsenému administrátorovi však Linux umožňuje oveľa viac. Výhodný je najmä unixový princíp spolupráce malých špecializovaných programov namiesto jednej veľkej aplikácie. Stačí tak nainštalovať iba to, čo naozaj potrebujete. Čím menej programov a čím menšie programy, tým nižšia pravdepodobnosť chýb, z čoho vyplýva vyššia bezpečnosť a spoľahlivosť.
Linux sám o sebe nie je všeliekom. Pre dobrého administrátora je však oveľa silnejším nástrojom ako akýkoľvek uzavretýsystém.