Tak ako pri skúšaní väčšiny nových vecí pri Linuxe najprv uvidíte to negatívne – respektíve tak budete vnímať všetko, čo sa líši od vašich zvyklostí. Po dlhšom čase používania Linuxu však v porovnaní s Windows oceníte viaceré príjemné rozdiely.
V Linuxe si napríklad každý program ukladá konfiguráciu do vlastného súboru, neexistuje nič ako registre vo Windows. Nevýhodou je, že programy používajú rôzne druhy konfiguračných súborov, výhodou je zasa to, že chyba jedného neovplyvní ostatné.
V Linuxe je takisto každý program spustený pod konkrétnym používateľom a používateľ nemôže zapisovať nikam inam ako do svojho domovského adresára. To umožňuje jednoduché zálohovanie konfigurácií, ako aj bezpečné inštalovanie a odinštalovanie programov – keďže nikam nemôžu zapisovať, máte istotu, že po odinštalácii po nich nič neostane.
Najmä u Windows 9x sa často stávalo, že postupom času išli stále pomalšie a nestabilnejšie, až neostalo nič iné, ako ich preinštalovať. V Linuxe sme sa s takým niečím ešte nikdy nestretli a hoci tvrdenie „Linux sa inštaluje len raz“ je (hlavne pre menej skúsených používateľov) mierne prehnané, každý problém sa v ňom dá odstrániť aj bez preinštalovávania celéhosystému.
