BERKELEY, BRATISLAVA. Mikróby niekedy pripomínajú imunitný systém. Rastlinám môžu poskytovať ochranu pred hubovým patogénom, a tie im za to "platia" pätinou uhlíka z fotosyntézy.
V predbežnom online vydaní časopisu Science (Science Express) to oznámil 11-členný holandsko-americký tím, ktorý viedol Jos Raaijmakers z univerzity vo Wageningene.
Čip ako kreditka
Holandskí vedci ako prví určili zloženie početnej skupiny mikróbov, ktoré v pôde umožňujú potláčanie množenie istého patogénu. Ten by inak zabíjal rastliny.
Doteraz sa v takom kontexte podarilo spoznať nanajvýš jeden či dva druhy mikróbov. Tím Josa Raaijmakersa však odhalil zložitú mikrobiálnu sieť.
Analýza pôdnych vzoriek z poľa cukrovej repy v Holandsku - ktorá odoláva hubovému patogénu koreňomorke zemiakovej (Rhizoctonia solani) - ukázala, že sa na tom spoločne podieľa až 17 druhov mikróbov.
Vedci pri tomto výskume využili PhyloChip, detektor veľký približne ako kreditná karta, ktorý dokáže odhaliť prítomnosť 55-tisíc druhov baktérií a archeónov vo vzorkách vzduchu, vody a pôdy bez toho, aby ich bolo treba kultivovať v laboratóriu (archeóny sú podobne ako baktérie malé mikróby bez bunkového jadra, geneticky
i fyziologicky sa však výrazne líšia).
PhyloChip porovnáva sekvencie DNA, ktoré sú špecifické pre každý druh mikróba s vyše miliónom referenčných.
Mnohokrát sa už osvedčil v priamom terénnom nasadení, aj vlani pri katastrofickom úniku ropy v Mexickom zálive, kde pomohol odhaliť, ktoré mikróby vlastne zlikvidovali väčšinu ropy v morskej vode a na zasiahnutých
pobrežiach.
Celé spoločenstvo
PhyloChip takto vo vzorkách pôdy z predmetného holandského poľa cukrovej repy signalizoval vyše 33-tisíc druhov baktérií a archeónov.
Všetky vzorky, kde bola potlačená spomenutá huba, mali zvýšený obsah 17 typov baktérií, okrem iného známe Pseudomonas, Burkholderia, Xanthomonas a Actinobacteria.
S nimi spolupôsobili ďalšie, ktoré samé nedokážu bojovať s patogénmi. Spoločne to však zvládli.
"Teraz vidíme, že zložitý jav potláčania patogénu v pôdach nemožno jednoducho pripísať jedinej bakteriálnej skupine, ale najpravdepodobnejšie ho ovláda celé spoločenstvo mikróbov," povedal člen tímu Gary Andersen z Lawrence Berkeley National Laboratory v USA.
Zdroj: Science Express z 5. 5. 2011, Komuniké Berkeley Lab z 5. 5. 2011.
