Mikrobiálne zoo na našej pokožke

Americkí genetici dosiaľ najpodrobnejšie zmapovali jednobunkové mikróby, predovšetkým baktérie, ktoré v obrovskom počte obývajú povrch ľudského tela.

Ukážka kultúry baktérií - svetlé okrúhle kolónie na červenom vyživovacom roztoku - vypestovaných zo vzorky odobratej z ľudskej pokožky.(Zdroj: Julia Segre)

Americkí genetici dosiaľ najpodrobnejšie zmapovali jednobunkové mikróby, predovšetkým baktérie, ktoré v obrovskom počte obývajú povrch ľudského tela.

Pokožka patrí k prvým líniám obrany nášho organizmu voči infekcii i poraneniu. Riadna funkcia pokožky však vyžaduje jemne vyladenú rovnováhu medzi jej bunkami a miliónmi baktérií a iných mikróbov, ktoré k nej priliehajú jednotlivo, v skupinách i celých kolóniách.

Dosiaľ najpodrobnejší pohľad na mikrobióm pokožky - súhrn DNA čiže genómov všetkých mikróbov na nej - teraz predložil tím vedcov z Národného ústavu pre výskum ľudského genómu (NHGRI) a Národných ústavov zdravia (NIH) v Bethesde (štát Maryland, USA).

Trinásťčlenný tím viedla Julia Segreová, prvou autorkou článku v časopise Science je Elizabeth Griceová, obe z NHGRI. Jeden člen bol kolektívny, skupina programu porovnávacieho sekvenovania v stredisku NIH pre sekvenovanie DNA.

Pestrejšia paleta

Základné zistenie: Ľudskú pokožku obýva pestrejšia paleta baktérií, ako si zatiaľ vedci a lekári mysleli. Rozmanitosť týchto baktérií však prinajmenšom v prípade zdravých ľudí závisi na mieste tela. Baktérie z rovnakých miest tela dvoch ľudí sú si podobnejšie ako baktérie z rôznych miest tela tej istej osoby.

Umožnilo ho využitie najprogresívnejšej technológie sekvenovania DNA a výkonnej počítačovej analýzy. Vedci takto zachytili rozmanitejší súbor mikróbov ako pri tradičnej kultivácii mikrobiálnych vzoriek v Petriho miskách.

Zdrojom pre sekvenovanie boli vzorky odobraté z celkove dvadsiatky miest na telách desiatich zdravých dobrovoľníkov. Podľa členky tímu Marie Turnerovej z NIH ich vybrali aj na základe náchylností k určitým kožným chorobám, za ktorými lekári už dávno tušia mikróby.

Z DNA vyťaženej zo vzoriek bádatelia sekvenovali gény 16S ribozomálnej RNA, markéru baktérií. Získali 112 tisíc sekvencií. Vyšlo im, že predmetné baktérie patrili do 19 rôznych kmeňov a 205 rôznych rodov. Presný počet bakteriálnych druhov ani nestanovili. Rozmanitosť na tejto úrovni však vysoko prekročila očakávania.

(Samozrejme treba mať na pamäti, že používanie klasickej zatrieďovacej terminológie organizmov vo svete mikróbov, osobitne baktérií, ktoré si často priamo vymieňajú gény, je podmienečné.)

pokozka_mikroby2.jpg

Kultúry baktérií z ľudskej pokožky. Zdanlivo jednotvárne, v skutočnosti mimoriadne pestrý svet.
Julia Segre

Mikrobiogeografia ľudského tela

Bakteriálne najrozmanitejšie je predlaktie s priemerne 44 druhmi, najmenej rozmanití je záušie s priemerne 19 druhmi. Zvolených 20 miest, odkiaľ boli vzorky, predstavuje tri základné mikroprostredia: mastné, vlhké a suché.

Do prvého z nich patria obočie, okolie nosa, vnútro ucha, zadná časť vlasatého úseku hlavy a horné časti hrude a chrbta. Do druhého vnútro ucha, podpazušie, vnútorný lakeť, kožné záhyby na styku prostredníka a prsteníka, slabiny, horná časť sedacieho svalu, zadná časť kolena, spodok chodidla a pupok. A napokon do tretieho vnútro strednej časti predlaktia, dlaň a zvyšok sedacieho svalu.

Najrozmanitejšie kombinácie mikróbov obývajú suché a vlhké miesta pokožky. Mastné miesta sa vyznačujú najrovnorodejšou zmesou mikróbov.

Tím Julie Segreovej sa pokúsil získať aj prvé poznatky o eventuálnej premennosti rozloženia mikróbov. Niektorým dobrovoľníkom preto odobrali vzorky dvakrát, v odstupoch štyroch až šiestich mesiacov. Ukázalo sa, že väčšinou sú po tejto stránke stále viac podobní sebe samým ako iným dobrovoľníkom. Miera podobnosti ale závisela na mieste tela. Najmenej sa im v medzičase zmenili mikrobiálne pomery v nose a uchu, najviac vzadu na kolene.

Genetické mapovanie mikróbov pokožky prinieslo aj nové poznatky o nebezpečných, neraz život ohrozujúcich baktériách druhu Staphylococcus aureus, označovaných MRSA, ktoré odolávajú silnému antibiotiku meticilín. Veľký podiel ľudí ich má v nose. Teraz sa zistilo, že podobné sa nachádzajú aj v kožných záhyboch vedľa nosa.

pokozka_mikroby3.jpg

Schéma rozloženia baktérií na ľudskom tele. Vedľa každého miesta sú koláčové diagramy, znázorňujúce zastúpenie veľkých bakteriálnych skupín (legenda je vľavo hore).
Ilustrácia: Julia Segre

Kladivo na kožné trápenia

„Položili sme základy pre výskumníkov, ktorí pracujú na vývoji nových a lepších stratégií liečby a prevencie kožných chorôb," povedala Julia Segreová. „Získané údaje sú voľne k dispozícii vedcom na celom svete. Dúfame, že to urýchli snahy pochopiť zložité genetické a environmentálne faktory, ktoré sa podieľajú na ekzémoch, psoriáze, akné, voči antibiotikám odolných infekciách a mnohých ďalších chorobách pokožky," doplnila.

„Naše výsledky podčiarkujú, že pokožka je domovom spoločenstiev kypiaceho mikrobiálneho života, ktoré môžu významne ovplyvňovať ľudské zdravie," povedala Elizabeth Griceová.

Genetický prieskum mikróbov na našej pokožke predstavuje integrálnu súčasť širšieho Projektu ľudského mikrobiómu (Human Microbiome Project, HMP), ktorý NIH nedávno oficiálne zahájili. HMP sa popri mikróboch pokožky sústreďuje na ich náprotivky v nose, ústach, tráviacej sústave a vo vagíne.

Hlavné zdroje: Science z 29. mája 2009; Komuniké NIH/NHGRI z 28. mája 2009.

Na spracúvanie osobných údajov sa vzťahujú Zásady ochrany osobných údajov a Pravidlá používania cookies. Pred zadaním e-mailovej adresy sa, prosím, dôkladne oboznámte s týmito dokumentmi.

Najčítanejšie na SME Tech

Inzercia - Tlačové správy

  1. Škola fantázie v Tatralandii. Keď učenie dokáže baviť
  2. Záujem o Jarabinky rastie, lákajú na zaujímavé prvenstvo
  3. Luxus a starnúca populácia. Toto sú aktuálne biznisové trendy
  4. Rezidenčná štvrť bez betónových plotov
  5. SME.sk môžete teraz čítať aj bez reklamy
  6. Dobro, kľúč ku šťastnému osudu
  7. Chcete investovať a zároveň sporiť s 3% úrokom?
  8. Pracujú vo svojich komunitách. Má Slovensko lokálnych lídrov?
  9. Nášmu telu stačí iba málo vitamínov
  10. Hlasujte za Cenu verejnosti v súťaži Učiteľ Slovenska!
  1. Záujem o Jarabinky rastie, lákajú na zaujímavé prvenstvo
  2. SME.sk môžete teraz čítať aj bez reklamy
  3. Škola fantázie v Tatralandii. Keď učenie dokáže baviť
  4. Brieždenie pod lomenicou
  5. Dobro, kľúč ku šťastnému osudu
  6. Chcete investovať a zároveň sporiť s 3% úrokom?
  7. Luxus a starnúca populácia. Toto sú aktuálne biznisové trendy
  8. Pracujú vo svojich komunitách. Má Slovensko lokálnych lídrov?
  9. Zlatý mok čapujú najlepšie v Prešove. Šarišským Majstrom výčapu
  10. Rezidenčná štvrť bez betónových plotov
  1. Vianoce a Silvester v teple: Pätnásť tipov, kam sa vybrať 17 765
  2. Arabská exotika: Top hotely v Ománe 13 246
  3. Nášmu telu stačí iba málo vitamínov 10 581
  4. Pracujú vo svojich komunitách. Má Slovensko lokálnych lídrov? 7 374
  5. Javorina otvorila svoj tretí showroom na Slovensku 5 544
  6. Hlasujte za Cenu verejnosti v súťaži Učiteľ Slovenska! 4 967
  7. Alena Bašistová: Nikomu nejdem brať hlasy a ani s nimi kšeftovať 4 373
  8. Boj o vedenie radnice v známom kúpeľnom meste 3 909
  9. Najužitočnejšia appka 2 894
  10. Luxus a starnúca populácia. Toto sú aktuálne biznisové trendy 2 857

Hlavné správy zo Sme.sk

DOMOV

Je Rybanič whistleblower? Odborníci sa nezhodli

Rybanič chce názor Súdneho dvora Európskej únie.

DOBRÉ RÁNO

Dobré ráno: Kam chodíte, aj keď hovoríte opak

Ako sa ázijské bistrá zmenili za posledných dvadsať rokov.

Komentár Zuzany Kepplovej

Na Dankovom diplome vlastne nezáleží

Bol by to prezident, v ktorom by nejeden našinec spoznal vlastný príbeh.

PRIMÁR

Šesť rád, ktoré vás môžu ochrániť pred chrípkou

Pripravte sa na chrípkovú sezónu.

Neprehliadnite tiež

PODCAST ZOOM

Zoom: Zlomené srdce naozaj existuje, dokazuje veda

Čo všetko sa môže stať nášmu srdcu.

Poradíme vám, ako vybrať správny notebook pre študenta

Mal by byť malý pre denné prenášanie, odolný aby vydržal nejeden pád a s výkonom, ktorý vám postačí aspoň na niekoľko rokov štúdia

Vybrali sme notebooky pre študentov

Za najlacnejší si výrobca pýta len dve stovky, ten najdrahší má hodnotu ojazdeného auta.

Ako si vyextrahovať DNA zo slín a postaviť elektromagnet

Jednoduché vedecké pokusy, ktoré zvládnete aj doma v kuchyni.