Mikrobiálne zoo na našej pokožke

Americkí genetici dosiaľ najpodrobnejšie zmapovali jednobunkové mikróby, predovšetkým baktérie, ktoré v obrovskom počte obývajú povrch ľudského tela.

Ukážka kultúry baktérií - svetlé okrúhle kolónie na červenom vyživovacom roztoku - vypestovaných zo vzorky odobratej z ľudskej pokožky.(Zdroj: Julia Segre)

Americkí genetici dosiaľ najpodrobnejšie zmapovali jednobunkové mikróby, predovšetkým baktérie, ktoré v obrovskom počte obývajú povrch ľudského tela.

Pokožka patrí k prvým líniám obrany nášho organizmu voči infekcii i poraneniu. Riadna funkcia pokožky však vyžaduje jemne vyladenú rovnováhu medzi jej bunkami a miliónmi baktérií a iných mikróbov, ktoré k nej priliehajú jednotlivo, v skupinách i celých kolóniách.

Dosiaľ najpodrobnejší pohľad na mikrobióm pokožky - súhrn DNA čiže genómov všetkých mikróbov na nej - teraz predložil tím vedcov z Národného ústavu pre výskum ľudského genómu (NHGRI) a Národných ústavov zdravia (NIH) v Bethesde (štát Maryland, USA).

Trinásťčlenný tím viedla Julia Segreová, prvou autorkou článku v časopise Science je Elizabeth Griceová, obe z NHGRI. Jeden člen bol kolektívny, skupina programu porovnávacieho sekvenovania v stredisku NIH pre sekvenovanie DNA.

Pestrejšia paleta

Základné zistenie: Ľudskú pokožku obýva pestrejšia paleta baktérií, ako si zatiaľ vedci a lekári mysleli. Rozmanitosť týchto baktérií však prinajmenšom v prípade zdravých ľudí závisi na mieste tela. Baktérie z rovnakých miest tela dvoch ľudí sú si podobnejšie ako baktérie z rôznych miest tela tej istej osoby.

Umožnilo ho využitie najprogresívnejšej technológie sekvenovania DNA a výkonnej počítačovej analýzy. Vedci takto zachytili rozmanitejší súbor mikróbov ako pri tradičnej kultivácii mikrobiálnych vzoriek v Petriho miskách.

Zdrojom pre sekvenovanie boli vzorky odobraté z celkove dvadsiatky miest na telách desiatich zdravých dobrovoľníkov. Podľa členky tímu Marie Turnerovej z NIH ich vybrali aj na základe náchylností k určitým kožným chorobám, za ktorými lekári už dávno tušia mikróby.

Z DNA vyťaženej zo vzoriek bádatelia sekvenovali gény 16S ribozomálnej RNA, markéru baktérií. Získali 112 tisíc sekvencií. Vyšlo im, že predmetné baktérie patrili do 19 rôznych kmeňov a 205 rôznych rodov. Presný počet bakteriálnych druhov ani nestanovili. Rozmanitosť na tejto úrovni však vysoko prekročila očakávania.

(Samozrejme treba mať na pamäti, že používanie klasickej zatrieďovacej terminológie organizmov vo svete mikróbov, osobitne baktérií, ktoré si často priamo vymieňajú gény, je podmienečné.)

pokozka_mikroby2.jpg

Kultúry baktérií z ľudskej pokožky. Zdanlivo jednotvárne, v skutočnosti mimoriadne pestrý svet.
Julia Segre

Mikrobiogeografia ľudského tela

Bakteriálne najrozmanitejšie je predlaktie s priemerne 44 druhmi, najmenej rozmanití je záušie s priemerne 19 druhmi. Zvolených 20 miest, odkiaľ boli vzorky, predstavuje tri základné mikroprostredia: mastné, vlhké a suché.

Do prvého z nich patria obočie, okolie nosa, vnútro ucha, zadná časť vlasatého úseku hlavy a horné časti hrude a chrbta. Do druhého vnútro ucha, podpazušie, vnútorný lakeť, kožné záhyby na styku prostredníka a prsteníka, slabiny, horná časť sedacieho svalu, zadná časť kolena, spodok chodidla a pupok. A napokon do tretieho vnútro strednej časti predlaktia, dlaň a zvyšok sedacieho svalu.

Najrozmanitejšie kombinácie mikróbov obývajú suché a vlhké miesta pokožky. Mastné miesta sa vyznačujú najrovnorodejšou zmesou mikróbov.

Tím Julie Segreovej sa pokúsil získať aj prvé poznatky o eventuálnej premennosti rozloženia mikróbov. Niektorým dobrovoľníkom preto odobrali vzorky dvakrát, v odstupoch štyroch až šiestich mesiacov. Ukázalo sa, že väčšinou sú po tejto stránke stále viac podobní sebe samým ako iným dobrovoľníkom. Miera podobnosti ale závisela na mieste tela. Najmenej sa im v medzičase zmenili mikrobiálne pomery v nose a uchu, najviac vzadu na kolene.

Genetické mapovanie mikróbov pokožky prinieslo aj nové poznatky o nebezpečných, neraz život ohrozujúcich baktériách druhu Staphylococcus aureus, označovaných MRSA, ktoré odolávajú silnému antibiotiku meticilín. Veľký podiel ľudí ich má v nose. Teraz sa zistilo, že podobné sa nachádzajú aj v kožných záhyboch vedľa nosa.

pokozka_mikroby3.jpg

Schéma rozloženia baktérií na ľudskom tele. Vedľa každého miesta sú koláčové diagramy, znázorňujúce zastúpenie veľkých bakteriálnych skupín (legenda je vľavo hore).
Ilustrácia: Julia Segre

Kladivo na kožné trápenia

„Položili sme základy pre výskumníkov, ktorí pracujú na vývoji nových a lepších stratégií liečby a prevencie kožných chorôb," povedala Julia Segreová. „Získané údaje sú voľne k dispozícii vedcom na celom svete. Dúfame, že to urýchli snahy pochopiť zložité genetické a environmentálne faktory, ktoré sa podieľajú na ekzémoch, psoriáze, akné, voči antibiotikám odolných infekciách a mnohých ďalších chorobách pokožky," doplnila.

„Naše výsledky podčiarkujú, že pokožka je domovom spoločenstiev kypiaceho mikrobiálneho života, ktoré môžu významne ovplyvňovať ľudské zdravie," povedala Elizabeth Griceová.

Genetický prieskum mikróbov na našej pokožke predstavuje integrálnu súčasť širšieho Projektu ľudského mikrobiómu (Human Microbiome Project, HMP), ktorý NIH nedávno oficiálne zahájili. HMP sa popri mikróboch pokožky sústreďuje na ich náprotivky v nose, ústach, tráviacej sústave a vo vagíne.

Hlavné zdroje: Science z 29. mája 2009; Komuniké NIH/NHGRI z 28. mája 2009.

Najčítanejšie na SME Tech


Inzercia - Tlačové správy


  1. Tatra banka spustila najmodernejší internet banking pre firmy
  2. Toto tajomstvo vrcholoví športovci dlho skrývali
  3. Egejská riviéra: Ktoré letovisko je pre vás najlepšie?
  4. Slovensko má pralesy, púšť aj kameňopád. Už ste ich videli?
  5. Volkswagen T-Roc: Pre nerozhodných
  6. Leto 2018 v Grécku s odletom z Bratislavy
  7. Dlhopisy 7,25 % p.a. majú najvýhodnejšiu nákupnú cenu v roku
  8. Zelené Grunty vám ponúknu viac, ako očakávate
  9. Kam do tepla v januári?
  10. First moment Turecko: využite zľavy na špičkové hotely
  1. Egejská riviéra: Ktoré letovisko je pre vás najlepšie?
  2. Slovensko má pralesy, púšť aj kameňopád. Už ste ich videli?
  3. Toto tajomstvo vrcholoví športovci dlho skrývali
  4. Vlani sme si vyberali z vyše pol milióna inzerovaných áut
  5. V centre našej pozornosti sú zákazníci. Už 50 rokov
  6. Začiatok roka patrí dani z nehnuteľností
  7. Volkswagen T-Roc: Pre nerozhodných
  8. Tipy pre atraktívne poprsie po dojčení. Plastike povedzte nie
  9. Stanovisko spoločnosti Advokátska kancelária JUDr. Radomír Bžán
  10. Tatra banka spustila najmodernejší internet banking pre firmy
  1. Volkswagen T-Roc: Pre nerozhodných 6 321
  2. Tatra banka spustila najmodernejší internet banking pre firmy 5 043
  3. Leto 2018 v Grécku s odletom z Bratislavy 3 848
  4. Slovensko má pralesy, púšť aj kameňopád. Už ste ich videli? 3 095
  5. Toto tajomstvo vrcholoví športovci dlho skrývali 2 693
  6. Kam do tepla v januári? 2 544
  7. First moment Turecko: využite zľavy na špičkové hotely 2 287
  8. Dlhopisy 7,25 % p.a. majú najvýhodnejšiu nákupnú cenu v roku 2 213
  9. Iba dnes: Narodeninové predplatné SME.sk za 25 eur 1 576
  10. Demänovku mieša iba jeden človek. Ako si strážia receptúru? 1 551

Hlavné správy zo Sme.sk

DOMOV

Harabin má k prezidentskej petícii bližšie, ako priznáva

Čím viac hlasov, tým ľahšie rozhodovanie o kandidatúre, tvrdí konšpirátor a bývalý minister spravodlivosti. Zneužitia svojich údajov sa nebojí.

Neprehliadnite tiež

LG V30 je skoro dokonalý smartfón pre milovníkov multimédií

Špičkový výkon, skvelý fotoaparát a množstvo ďalších superlatív. Aký je nový smartfón od LG v skutočnosti?

DETSKÁ RUBRIKA

Krahulcom ublížili postreky. Z poškodených vajec sa mladé nikdy nevyliahli

Pôsobením chemikálií sa škrupina na vajíčkach stenčila a nasledoval smutný koniec. Keď si nádejná mama sadla na znášku, vajíčka pod ňou popraskali.

Prekvapivé príslušenstvo: Nintendo spojilo kartónové hračky a hraciu konzolu

Postavte si vlastný klavír, auto na diaľkové ovládanie či robotický oblek.

Prekonáva všetky limity. Nový fotoaparát má 400 megapixelové fotky

Jedna fotografia zaberie 2,4 gigabajtu úložného priestoru.

Môže ukrývať mayské tajomstvá. Našli najväčšiu zatopenú jaskyňu sveta

Potápači našli prepojenie dvoch jaskynných systémov, spolu sú dlhé 347 kilometrov.