Mikrobiálne zoo na našej pokožke

Americkí genetici dosiaľ najpodrobnejšie zmapovali jednobunkové mikróby, predovšetkým baktérie, ktoré v obrovskom počte obývajú povrch ľudského tela.

Ukážka kultúry baktérií - svetlé okrúhle kolónie na červenom vyživovacom roztoku - vypestovaných zo vzorky odobratej z ľudskej pokožky.(Zdroj: Julia Segre)

Americkí genetici dosiaľ najpodrobnejšie zmapovali jednobunkové mikróby, predovšetkým baktérie, ktoré v obrovskom počte obývajú povrch ľudského tela.

Pokožka patrí k prvým líniám obrany nášho organizmu voči infekcii i poraneniu. Riadna funkcia pokožky však vyžaduje jemne vyladenú rovnováhu medzi jej bunkami a miliónmi baktérií a iných mikróbov, ktoré k nej priliehajú jednotlivo, v skupinách i celých kolóniách.

Dosiaľ najpodrobnejší pohľad na mikrobióm pokožky - súhrn DNA čiže genómov všetkých mikróbov na nej - teraz predložil tím vedcov z Národného ústavu pre výskum ľudského genómu (NHGRI) a Národných ústavov zdravia (NIH) v Bethesde (štát Maryland, USA).

Trinásťčlenný tím viedla Julia Segreová, prvou autorkou článku v časopise Science je Elizabeth Griceová, obe z NHGRI. Jeden člen bol kolektívny, skupina programu porovnávacieho sekvenovania v stredisku NIH pre sekvenovanie DNA.

Pestrejšia paleta

Základné zistenie: Ľudskú pokožku obýva pestrejšia paleta baktérií, ako si zatiaľ vedci a lekári mysleli. Rozmanitosť týchto baktérií však prinajmenšom v prípade zdravých ľudí závisi na mieste tela. Baktérie z rovnakých miest tela dvoch ľudí sú si podobnejšie ako baktérie z rôznych miest tela tej istej osoby.

Umožnilo ho využitie najprogresívnejšej technológie sekvenovania DNA a výkonnej počítačovej analýzy. Vedci takto zachytili rozmanitejší súbor mikróbov ako pri tradičnej kultivácii mikrobiálnych vzoriek v Petriho miskách.

Zdrojom pre sekvenovanie boli vzorky odobraté z celkove dvadsiatky miest na telách desiatich zdravých dobrovoľníkov. Podľa členky tímu Marie Turnerovej z NIH ich vybrali aj na základe náchylností k určitým kožným chorobám, za ktorými lekári už dávno tušia mikróby.

Z DNA vyťaženej zo vzoriek bádatelia sekvenovali gény 16S ribozomálnej RNA, markéru baktérií. Získali 112 tisíc sekvencií. Vyšlo im, že predmetné baktérie patrili do 19 rôznych kmeňov a 205 rôznych rodov. Presný počet bakteriálnych druhov ani nestanovili. Rozmanitosť na tejto úrovni však vysoko prekročila očakávania.

(Samozrejme treba mať na pamäti, že používanie klasickej zatrieďovacej terminológie organizmov vo svete mikróbov, osobitne baktérií, ktoré si často priamo vymieňajú gény, je podmienečné.)

pokozka_mikroby2.jpg

Kultúry baktérií z ľudskej pokožky. Zdanlivo jednotvárne, v skutočnosti mimoriadne pestrý svet.
Julia Segre

Mikrobiogeografia ľudského tela

Bakteriálne najrozmanitejšie je predlaktie s priemerne 44 druhmi, najmenej rozmanití je záušie s priemerne 19 druhmi. Zvolených 20 miest, odkiaľ boli vzorky, predstavuje tri základné mikroprostredia: mastné, vlhké a suché.

Do prvého z nich patria obočie, okolie nosa, vnútro ucha, zadná časť vlasatého úseku hlavy a horné časti hrude a chrbta. Do druhého vnútro ucha, podpazušie, vnútorný lakeť, kožné záhyby na styku prostredníka a prsteníka, slabiny, horná časť sedacieho svalu, zadná časť kolena, spodok chodidla a pupok. A napokon do tretieho vnútro strednej časti predlaktia, dlaň a zvyšok sedacieho svalu.

Najrozmanitejšie kombinácie mikróbov obývajú suché a vlhké miesta pokožky. Mastné miesta sa vyznačujú najrovnorodejšou zmesou mikróbov.

Tím Julie Segreovej sa pokúsil získať aj prvé poznatky o eventuálnej premennosti rozloženia mikróbov. Niektorým dobrovoľníkom preto odobrali vzorky dvakrát, v odstupoch štyroch až šiestich mesiacov. Ukázalo sa, že väčšinou sú po tejto stránke stále viac podobní sebe samým ako iným dobrovoľníkom. Miera podobnosti ale závisela na mieste tela. Najmenej sa im v medzičase zmenili mikrobiálne pomery v nose a uchu, najviac vzadu na kolene.

Genetické mapovanie mikróbov pokožky prinieslo aj nové poznatky o nebezpečných, neraz život ohrozujúcich baktériách druhu Staphylococcus aureus, označovaných MRSA, ktoré odolávajú silnému antibiotiku meticilín. Veľký podiel ľudí ich má v nose. Teraz sa zistilo, že podobné sa nachádzajú aj v kožných záhyboch vedľa nosa.

pokozka_mikroby3.jpg

Schéma rozloženia baktérií na ľudskom tele. Vedľa každého miesta sú koláčové diagramy, znázorňujúce zastúpenie veľkých bakteriálnych skupín (legenda je vľavo hore).
Ilustrácia: Julia Segre

Kladivo na kožné trápenia

„Položili sme základy pre výskumníkov, ktorí pracujú na vývoji nových a lepších stratégií liečby a prevencie kožných chorôb," povedala Julia Segreová. „Získané údaje sú voľne k dispozícii vedcom na celom svete. Dúfame, že to urýchli snahy pochopiť zložité genetické a environmentálne faktory, ktoré sa podieľajú na ekzémoch, psoriáze, akné, voči antibiotikám odolných infekciách a mnohých ďalších chorobách pokožky," doplnila.

„Naše výsledky podčiarkujú, že pokožka je domovom spoločenstiev kypiaceho mikrobiálneho života, ktoré môžu významne ovplyvňovať ľudské zdravie," povedala Elizabeth Griceová.

Genetický prieskum mikróbov na našej pokožke predstavuje integrálnu súčasť širšieho Projektu ľudského mikrobiómu (Human Microbiome Project, HMP), ktorý NIH nedávno oficiálne zahájili. HMP sa popri mikróboch pokožky sústreďuje na ich náprotivky v nose, ústach, tráviacej sústave a vo vagíne.

Hlavné zdroje: Science z 29. mája 2009; Komuniké NIH/NHGRI z 28. mája 2009.

Najčítanejšie na SME Tech


Inzercia - Tlačové správy


  1. Táto dvojica stojí za zrodom slovenského internetu. Ako začínal?
  2. 14 tipov na exotickú dovolenku, ktorú si môžete dovoliť (aj vy)
  3. Štatutári, máte už prístup k elektronickej schránke?
  4. Zabudnite na nové a neekologické PC. Je tu Refurbished!
  5. Volkswagen Arteon je výkladná skriňa technológií
  6. Yeme chce byť výnimočný obchod aj vďaka výnimočným zamestnancom
  7. Lepšie bývať na vidieku, alebo v meste? Hľadali sme výhody
  8. Poznáte pôvod slovenských slov? Otestujte sa
  9. Plavba po Karibiku na luxusnej lodi
  10. Hyundai H350 je dokonale spoľahlivým partnerom pre biznis
  1. Táto dvojica stojí za zrodom slovenského internetu. Ako začínal?
  2. Aj vy môžete mať pekný trávnik, poradí vám expert
  3. Výrobky, ktoré chutia a voňajú ako z domácej zabíjačky
  4. 14 tipov na exotickú dovolenku, ktorú si môžete dovoliť (aj vy)
  5. Profesionálne sa predaj nehnuteľností dá robiť jedine exkluzívne
  6. HÝBSA Slovensko odštartovalo turné po Slovensku. Buďte pri tom!
  7. Každý štvrtý 70-tnik na Slovensku má cukrovku, pribúdajú mladší
  8. 5 hviezdičkové apartmány priamo na pobreží - Dubrovník
  9. Stavba domu na kľúč – úspora času aj financií
  10. Štatutári, máte už prístup k elektronickej schránke?
  1. Poznáte pôvod slovenských slov? Otestujte sa 17 234
  2. Táto dvojica stojí za zrodom slovenského internetu. Ako začínal? 15 581
  3. 14 tipov na exotickú dovolenku, ktorú si môžete dovoliť (aj vy) 13 933
  4. Lepšie bývať na vidieku, alebo v meste? Hľadali sme výhody 12 071
  5. Volkswagen Arteon je výkladná skriňa technológií 7 788
  6. Yeme chce byť výnimočný obchod aj vďaka výnimočným zamestnancom 6 878
  7. Čím všetkým som si prešla, aby som sa naučila po anglicky 6 410
  8. Zabudnite na nové a neekologické PC. Je tu Refurbished! 5 932
  9. Hyundai H350 je dokonale spoľahlivým partnerom pre biznis 3 435
  10. Štatutári, máte už prístup k elektronickej schránke? 3 301

Hlavné správy zo Sme.sk

PLUS

Američania spozorneli. Slovenský princ je hodný Oscara

Veľký šľachtiteľský príbeh sa začal celkom nenápadne.

PRIMÁR

Od štyridsatky po sedemdesiatku. Ako sa mení sexualita?

Kvalita závisí od psychiky milencov.

Neprehliadnite tiež

Kolíska ľudstva nie je v Afrike ale na Balkáne, naznačuje starodávny zub

Ak by sa potvrdili výsledky nemeckých vedcov, znamenalo by to, že ľudia sa od opíc vývojovo oddelili v Európe.

Zástera z ľudských kostí či Everest zo vzduchu. Briti ukázali prvé zábery tibetskej kultúry

Niektoré zábery boli sto rokov ukryté pred verejnosťou. Najväčšia zbierka sa teraz dostáva na internet.

Drobné prepeličky môžu pomáhať v boji proti rakovine

Vedecký výskum na zvieratách vždy bol a aj bude otázkou rôznych názorov. Výskum na vtáčích vajciach a embryách však prináša nové rozmery.

Vedci sú na stope tajomstvu DNA

Vďaka úžasnému technologickému vývoju vznikajú nové vedné odbory. Jedným z nich je aj bioinformatika.